Železná Ruda vznikla na důležité obchodní cestě z Čech do Bavorska. V 16. století zde byla objevena ložiska železné rudy. Byla postavena železářská huť, která byla později nahrazena sklářskou hutí. O rozmach sklářství se postaral Jan Jiří Hafenbrädl, jenž pocházel z významné sklářské rodiny.
Roku 1841 byla postavena nová sklárna v části Alžbětín. Jméno dostala po Hafanbrädlově dceři a patřila k největším na Šumavě.
Produktem této sklárny bylo hlavně tabulové a zrcadlové sklo. V 18. století byla obec povýšena na městečko, později na město. K povýšení na město pomohla železniční trať, která vedla z Plzně do Bavorska.
Raritou je nádraží v Alžbětíně. Budova nádraží stojí přímo na hranici. Polovina je v Bavorsku a polovina v Čechách. Uprostřed odbavovací haly je vyznačen průběh státní hranice.
K dominantám Železné Rudy patří barokní kostel P. Marie Pomocné z let 1727-32. Na břehu potoka Řezná stojí nejstarší hamr na Šumavě, který dnes slouží jako rekreační objekt. Navštívit můžete Muzeum Šumavy, kde tvořil K. Klostermann román Skláři. Za pozornost stojí i stavby lidové architektury.
